El Topo quyết định đối đầu với các bậc thầy chiến binh trong một cuộc hành trình sa mạc đầy biến đổi mà anh bắt đầu với đứa con trai 6 tuổi của mình, người phải chôn cất vật tổ thời thơ ấu của mình để trở thành một người đàn ông.